号外，号外，听说联川生物可以做phasiRNA分析了
近年来，陆续有研究发现了非编码RNAs在调节生物学过程中的作用。我们知道small RNA在植物中参与调控一系列重要的生命活动，包括植株生长发育、胁迫因子应答和抵御病原菌入侵等等。Small RNA大家族包含microRNA （miRNA）、ta-siRNA/phasiRNA（trans-acting/phased siRNA）、nat-siRNA（natural antisense siRNA）、hc-siRNA（heterochromatic siRNA），这其中miRNA和phasiRNA近年来研究较多。miRNA对于我们来说已经再熟悉不过了，所以miRNA的相关研究小编在此就不详细介绍了。咱们今天要介绍的主角叫phasiRNA，phasiRNA是什么？它是怎么产生的呢？它又有哪些功能呢？带着这些疑问，跟随便小编一一解密，小编将详细的为读者朋友们介绍。
01▷▶▶▶phasiRNA全称phased small interfering RNA，即阶段性小干扰RNA。较早发现的tasiRNA是由miRNA触发非编码TAS转录物裂解产生的一类次级siRNAs，它们能以反式作用的方式抑制靶基因转录物的转录水平。参与tasiRNA生物合成的蛋白主要包括RDR3、SGS3、DCL4、AGO1、AGO7等。但后来发现有些tasiRNA还可以顺式作用其转录本，由此利用更为广泛的名称“phased siRNA”来以代之。在这里“phased”一词表示小RNA是从头到尾依次裂解产生的。
Figure 1. In-Phase Processing of ta-siRNAs Directed by miR173. Diagrammatic representation of TAS1c and TAS2. Predicted or validated ta-siRNAs are shown in red; all other cloned small RNA sequences are shown in black.
PhasiRNA有两种产生机制：“one-hit”和“two-hit”模式。
“one-hit”模式中，长度为22nt 的miRNA从3’端向其靶位点方向裂解mRNA产生phasiRNAs。而在“two-hit”模式中，前体包含两个miRNA靶位点，裂解仅发生在3’端位点上，即从5’端向3’端靶位点方向依次裂解产生phasiRNA。
Figure 2. Pathways for the Biogenesis of PhasiRNAs Modeled on Arabidopsis.
那么，phsiRNA有哪些功能呢？
研究发现，TAS3的ta-siRNAs或者tasiR-ARFs，通过对ARF3/ETTIN的负调控，来抑制拟南芥生长阶段从幼苗到成株的转化。
miRNA触发产生的次级siRNA 可以由很多植物基因组中的蛋白编码基因产生，而且次级siRNA可以靶向多个家族基因，在家族基因的进化上起到调控作用。
phasiRNA的靶基因在多种转录调控过程中扮演着重要的角色，如细胞形成、分生组织形成、细胞周期和花色素苷合成等等。
很多phasiRNAs靶向转录物后，都可以通过顺式或反式的方式调控转录物中的其他位点，呈现出一个自增强的调控网络。
我们已经知道，phasiRNA参与众多植物内重要家族的调控网络。而今，对于phasiRNA在不同植物中涉及的具体功能的报道依然缺乏，phasiRNA的很多功能还在不断被挖掘，其研究潜力十分巨大。正如非编码序列这个“Dark Matter”逐渐被学者照亮，phasiRNA在参与植物生长发育、胁迫因子应答和抵御病原菌入侵等各种机制中也会逐渐被点亮。
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